行政院106年11月17日唐政務委員鳳主持「南方四島國家公園海域劃設禁漁區研商會議」研商事項三「國家公園海域劃設禁漁區各機關權責及法令釐清」乙案，法務部研提意見如下：
在澎湖南方四島國家公園劃設之「海洋特別景觀區」區域範圍內，倘一行為（漁業活動）同時違反漁業法及國家公園法時，究應如何裁罰？
1. 一行為同時違反「海域特別景觀區…得許可既有傳統之季節洄游性之漁業活動」（例如未得許可或採捕非季節洄游性魚類）及漁業主管機關公告禁止之管制者，二規定應無普通法及特別法關係，依行政罰法第24條規定，應依法定罰鍰額最高之規定（即漁業法）裁罰。
2. 「澎湖南方四島國家公園計畫」就保護利用管制原則規定「海域特別景觀區…得許可既有傳統之季節洄游性之漁業活動，惟經漁業主管機關公告禁止管制之漁業活動除外」，如一行為係「得許可之既有傳統之季節洄游性之漁業活動」，惟違反漁業主管機關公告禁止之管制者，依特別法優先適用原則，應依漁業法裁罰。