同樣在103年3月內政部有擬訂「澎湖南方四島國家公園計畫」報行政院核定,在國家公園計畫裡面,對於特別景觀區的保護利用管制原則有下列三點:第一個是經過國家公園許可的話,可以進行學術研究調查等活動;第二個是經國家公園管理處許可,船舶得搭載乘客進入該區域觀賞海洋景觀、生物及生態,或可以進入潛水或浮潛活動;第三,海洋國家公園管理處得許可既有傳統之季節洄游性之漁業活動,惟經漁業主管機關公告禁止管制之漁業活動除外。這一個管制原則很明顯地跟國家公園法的規定是不符的。
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