各級法院掌管自己的司法行政,或由最終審的法院管轄各級法院的司法行政,有關這部份議題仍須討論,在民間團體版部份,除了乙案部份涉及修憲問題,在甲案、丙案部份,民間團體版所提出的方案,司法院是審判機關,可能是一元多軌化或是一元單軌化,此與司法院所提出的方案不完全相同。