國家公園設立的目的,主要是為保護國家特有的自然風景、野生物及史蹟,並供國民育樂及研究,行政院95年底核定東沙環礁國家公園計畫的時候,建議應優先辦理資源復育監測及生態研究的工作,復育到一定成果後,方考慮推動生態旅遊與環境教育工作。