進入南方四島國家公園區域所有遊客每人每天需繳交新台幣300元的「生態保育稅」,所有許可進入南方四島營業的船隻以後達到滿額100艘,每艘20人(包含觀光、浮潛、潛水、釣魚)每日進入國家公園最多容許人數2,000人,將收取的生態保育費,用來設立基金專戶,專款專用,用以聘任「生態觀察員」,以下請參閱。