國家公園計畫書裡面:陸域、島嶼、周邊近海的資源保護事項,將由保安警察第七總隊進行互管業務,海洋資源保護和漁業資源維護事項,依行政院海岸巡防署之合作關係,由海巡署人員與澎湖南方四島海域執行此任務,另有漁業安檢所負責漁港安檢及島嶼按季巡查,因此未節省人力與善用島嶼有限設施與土地資源,同時避免任務重疊,管理處與相關單位的業務上,要彼此分工合作與協助,這個是國家公園計畫書當初協議的訂定。