底下，海管處針對本案提出處理原則：「（一）確保海洋資源之生態保育與永續利用為劃設國家公園之重要目標，劃設「完全禁漁區」與澎湖南方四島國家公園「種源庫」的概念目標相符。（二）國際間推動海洋保護區，都認為在這一個區域內需要相關的社區及在地的居民支持，才能有效推行，這是世界目前執行海洋保護區的共同做法。因此本案在推動的過程中，本處期望除了海洋資源保育外，在實務管理上亦須兼顧當地居（漁）民傳統活動及生存權益。（三）基於政府誠信及維護當地漁民權益原則，以漸進式、階段性方式進行東西吉間海域之漁業管制。初期先針對影響生態較大之漁法（如底刺網、流刺網、延繩釣）進行管制，但每年10月至翌年3月維持原有季節性洄游漁業活動，逐步朝向完全禁漁之目標。」海管處將持續進行研究調查，瞭解國家公園生態狀況、確認保護目標及物種，掌握該海域之利用情形。