針對這一個案子,農委會有提出一個做法,國家公園劃設的目的是「永續保育生態系統及保存生物多樣性」,並由國家公園管理處依國家公園法經營管理。東西吉廊道屬「海域特別景觀區」,依國家公園法第13條第2款的規定,完全是禁漁區,惟依內政部擬訂的「澎湖南方四島國家公園計畫」,訂定的是可以許可進入作為傳統季節性的漁業活動,但漁業主管機關若有禁止的話是除外。